Persona 5 là một trò chơi điệm tử nhập vai, trong đó người chơi vào vai một nam sinh trung học, mật danh là Joker, sống và đi học ở Tokyo thời hiện đại trong 1 năm. Trò chơi có hệ thống chu kỳ ngày đêm và thời tiết, hệ thống đó sẽ xác định hành vi chung, tương tự như các trò chơi mô phỏng xã hội. Số năm trong trò chơi sẽ diễn ra theo các câu chuyện lẫn những sự kiện ngẫu nhiên khi Joker đi học. Anh có thể làm các công việc bán thời gian, tham gia các hoạt động giải trí hoặc tạo ra các vật phẩm dùng trong chiến đấu. Mỗi hoạt động khác nhau sẽ tăng các thuộc tính nhân vật, cho phép tạo các hiệu ứng nội tại trong trận chiến.[1][2][3][4]

Khi ở thế giới thực, nhân vật chính có thể phát triển các mối quan hệ với những nhân vật khác gọi là "Confidants" - phát triển từ cơ chế "Social Links" xuất hiện trong Persona 3 và Persona 4. Với hệ thống này, nhân vật chính có thể trò chuyện và tăng mối quan hệ của anh với các nhân vật khác mà anh gặp, một vài mối quan hệ có thể phát triển thành tình cảm. Tăng cấp thân thiết với các thành viên trong nhóm sẽ mở ra những khả năng khác nhau để sử dụng trong chiến đấu, chẳng hạn như khả năng "Baton Pass", sau khi gây 1 đòn chí mạng thì có thể chuyển giao lượt của mình cho đồng đội khác và tăng cường tấn công tạm thời. Tăng cấp Confidants với những người không thuộc nhóm chiến đấu sẽ nhận thêm kiểu thưởng khác, chẳng hạn như mở khóa các vật phẩm và trang bị mới hoặc tăng thêm điểm kinh nghiệm và tiền yên.

Bên cạnh cuộc sống học đường bình thường là thám hiểm dungeon với hai loại khác nhau trong một cõi gọi là Metaverse: dungeon dành riêng cho cốt truyện trò chơi được gọi là "Palace - Cung điện" và ngục tối "Mementos". Cả hai đều xuất hiện đầy rẫy các Shadows - những con quái vật được sinh ra từ loài người, và mang theo cảm xúc của con người, chủ yếu là tiêu cực.

Trong Mementos, nhóm có thể thực hiện các yêu cầu từ các nhân vật không thể chơi được (NPC) từ liên kết "Confidant". Trong quá trình thám hiểm, nhóm phải ẩn nấp để tránh tầm nhìn của Shadows và một số khu vực chứa các câu đố có thể giải bằng cách sử dụng khả năng nhãn quan gọi là "Con mắt thứ ba", làm nổi bật các vật thể có thể tương tác và cho thấy sức mạnh của kẻ địch so với nhóm. Khi khám phá các Palaces dành cho cốt truyện, một "Thanh cảnh báo" sẽ được hiển thị, khi nhóm bị phát hiện hoặc chạy trốn trong lúc chiến đấu thì thanh cảnh báo sẽ tăng lên. Nếu đạt 100%, nhóm buộc phải rời khỏi Palaces. Thanh cảnh báo có thể giảm xuống bằng cách thực hiện các pha tập kích bất ngờ và tiêu diệt kẻ địch, và đồng thời cũng tự động giảm xuống sau khi qua 1 đêm. Xuyên suốt Palaces là những địa điểm gọi là "phòng an toàn". Trong đó, người chơi có thể lưu trò chơi, hồi phục và di chuyển nhanh đến các phòng an toàn khác trong Palace.

Cũng như các phiên bản trước trong loạt, trò chơi sử dụng hệ thống đánh theo lượt: trận chiến có thể bắt đầu khi cả nhóm lao vào kẻ địch, hoặc họ có thể khởi động một cuộc tấn công bất ngờ và giành lợi thế trong trận chiến. Trong trận chiến, cả nhóm có thể sử dụng cả vũ khí cận chiến và súng, ngoài việc có thể triệu hồi các Persona - các sinh vật biểu hiện thể chất của tâm lý và tiềm thức của một người.[5] Nếu một nhân vật tấn công vào điểm yếu của kẻ địch, họ sẽ đánh gục kẻ địch và nhận thêm một lượt đi. Nếu tất cả kẻ địch bị đánh gục sẽ kích hoạt "Hold Up". Trong một lần, cả nhóm có thể phát động một cuộc "All-Out Attack - Tấn công toàn diện" tàn khốc, đòi tiền hoặc vật phẩm, thậm chí là đàm phán. Đàm phán thành công khiến Shadow đó trở thành Persona mới của Joker: Shadow chỉ có thể thuyết phục tham gia nếu cấp độ của Joker bằng hoặc cao hơn chúng. Tương tự như các phiên bản trước, các thành viên trong nhóm có thể bị hạ gục, và nếu nhân vật chính bị hạ, trò chơi kết thúc. Đôi khi, nếu một thành viên trong nhóm bị hạ gục, họ có thể bị kẻ địch bắt giữ và không thể quay trở lại nhóm nếu đàm phán thất bại.

Persona mới sẽ vào nhóm thông qua đàm phán thành công trong trận chiến, các loại Persona khác nhau thể hiện thông qua các Lá Ẩn Chính khác nhau được liên kết với các Confidant. Persona có thể kết hợp, hoặc "hợp nhất" trong Velvet Room, một cõi mà Joker ghé thăm như một phần của hành trình xuyên suốt câu chuyện. Trong Velvet Room, Persona mới có thể hợp thể với quy trình hợp nhất "Guillotine", với các kỹ năng và chỉ số kế thừa từ Persona cũ được sử dụng để hợp thể. Persona cũ có càng nhiều kỹ năng, càng truyền lại nhiều hơn cho Persona hợp nhất. Sức mạnh của Persona phụ thuộc vào mức độ liên kết Confidant. Ngoài ra, Personas có thể hy sinh theo nhiều cách khác nhau như "Hanging" sẽ lấy điểm kinh nghiệm của Persona đã hy sinh cho một Persona khác và "Electric Chair" - hy sinh để tạo ra một vật phẩm cao cấp. Cũng có thể gửi Persona vào "Solitary Confinement", nơi chúng sẽ phải trải qua đào tạo chuyên sâu và có thêm các kỹ năng bổ sung nhanh hơn bình thường. Số ngày mà một Persona phải duy trì để tăng sức mạnh dựa trên sức mạnh Ẩn Chính của nó.

Yếu tố nhiều người chơi tích hợp thông qua tính năng "Thieves Guild". Tương tự như hệ thống "Vox Populi" từ Persona 4 Golden, người chơi có tùy chọn xem những hoạt động mà người chơi khác đã làm trong bất kỳ ngày nào. Người chơi có thể gửi tin nhắn cho nhau, ngoài việc ảnh hưởng có lợi đến Thanh Cảnh báo cho người chơi thì còn hỗ trợ trong trận chiến khi một thành viên trong nhóm bị kẻ địch bắt làm con tin.